La construcción de este convento inició en 1569 y fue realizada por indígenas, quienes emplearon técnicas prehispánicas con materiales como piedra volcánica, caliza y elementos pétreos provenientes de otras edificaciones.

Las condiciones actuales del recinto se deben a las constantes inundaciones ocasionadas por los desbordamientos de los ríos Zahuapan y Totolac, lo que provocó que el edificio quedara en desuso. Sin embargo, como parte del patrimonio histórico y cultural del país, este espacio ha sido preservado por especialistas del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), quienes han logrado conservar parte de la nave mayor del templo y restos de sus capillas, así como una torre exenta.

Se dice que, en 1591, de este sitio salieron 400 familias tlaxcaltecas que ayudaron a colonizar el norte del extenso virreinato de la Nueva España.