El Museo se rige por tres ejes temáticos:

1. El Arte y la Historia: Promueve el conocimiento científico y cultural a lo largo de los siglos que tuvieron repercusión con el barroco. Aquí se puntualiza la proximidad entre la metrópoli española y el virreinato de la Nueva España.

2. El Arte y la Sociedad: Ilustra aspectos políticos, económicos y sociales relevantes y su influencia en el arte, destacando los códigos estéticos y culturales de origen virreinal y mestizo.

3. El Arte y el Espacio: Difunde la diversidad geográfica del arte barroco, sus peculiaridades locales y regionales, considerando los adelantos técnicos.

La exhibición permanente contempla varias salas expositivas, cada cual con una temática diferente que permiten tener una amplia visión de las diversas facetas que abarcaba el barroco, desde el arte, la arquitectura, el teatro, la música, la literatura y hasta la influencia del barroco en la vida cotidiana.
Una de las salas interactivas cuenta con la música de 'Las Cuatro Estaciones' de Vivaldi, donde se proyectan formas y colores de 360 grados para que el espectador esté envuelto por el concierto.
La segunda sala se exhibe la obra de 'Hipnerotomagia' del autor Pedro Friedeberg, que es una experiencia sensorial.
La tercera sala interactiva los asistentes podrán disfrutar de un espectáculo llamado 'Sonido', donde se puede interactuar con pinturas, paisajes y rostros del estilo barroco.

Cuenta con auditorio para realizar conciertos o teatro, así como un tienda de souvenirs y cafetería,

4 de febrero de 2016