El proyecto general de Estación Coyoacán está estructurado en tres núcleos autónomos e interrelacionados: la Galería de arte, el Project Room y la Fotogalería.
La galería de arte aloja proyectos de distintas disciplinas: instalaciones, arte objetual, pintura, proyectos audiovisuales, arte de acción y arte electrónico; de artistas nacionales de consistente trayectoria, así como proyectos que enlacen artistas mexicanos con artistas de otros países. El interés principal es generar una trama activa y vinculante capaz de enriquecer tanto la producción como la mirada.
Project Room es una sala consignada a proyectos de sitio específico, cuyo objetivo es ofrecer un espacio de experimentación e intervención que opere como plataforma para artistas emergentes.
Fotogalería es el espacio enfocado a la producción fotográfica actual.