El acervo resguarda gran parte de la memoria institucional que da testimonio de la experiencia del gobierno federal en el manejo del recurso hídrico, así como de los trabajos realizados en el país por destacados profesionales y especialistas de diversas disciplinas en torno al agua. El Archivo Histórico del Agua fue creado en 1994 y está integrado por más de 240 mil expedientes clasificados y organizados en siete fondos documentales con una temporalidad de 1558 a 1990.